1985年，在董府办公的单位全部迁出，由银南行署文化处对董府进行管理，设有专门的值班人员。

1988年，在董府设立银南地区文物管理所，主要职责为保护管理董府。

1988年，宁夏回族自治区人民政府将董府公布为自治区重点文物保护单位，并划定了保护范围和建设控制地带。该保护范围较为简单，未对保护区划分级，缺乏细致可行的管理要求。

1998年，银南地区行署撤销，成立地级吴忠市，银南地区文物管理所更名为吴忠市文物管理所。

2005年，吴忠市政府与利通区政府合署办公，利通区文物管理所和吴忠市文物管理所合并办公。

截至目前，没有制定相关的董府管理办法和条例。