董府建成距今已过百年，府内建筑结构坚固，历史上没经过大规模的修缮。20世纪70年代，解放军第511医院曾加固和粉刷府墙。近年来，除日常性保护修缮外，吴忠市文物管理所组织过三次局部维修。

一、加固府墙

1993年8月，因连日暴雨侵袭，董府寨墙顶部多处塌陷，形成漏洞。银南行署文化处、文管所及时将险情上报自治区文化厅并提出抢险维修意见，自治区文化厅紧急拨款11000元，由银南地区文物PS2L6laDL1vTd/aytvFmSaqv17TVj0N6EWPnufmkmW0=管理所组织抢险修缮。滑塌府墙就地取同类黄土补平，凹陷墙基除去朽土，以石料填垫，外用黄泥覆盖。墙上多处漏洞全部用三合土回填夯实。

二、清挖排水沟

董府地势低洼，府墙四周长年积水，危及府墙安全。自治区文化厅文物处与银南地区文物管理所共筹集资金3万多元，于1994年3月8日—8月20日清挖董府环内府墙外排水沟，将东、南两面排水沟以石料砌护，对西、北两面自然沟渠进行了清挖，四面贯通，并在内府墙东门前建造简易石板桥一座。

三、修复府墙

因四周农田不断升高，董府地势越来越低洼，府墙四周长年积水，加之风化和雨水冲刷，府墙剥蚀，墙皮脱落，墙垛错裂，危及文物安全。2000年8月，国家文物局划拨维修费40万元，在自治区、吴忠市文物和文化部门直接领导下组织施工，历时一年，于2001年完工，对董府府墙的墙基、墙面、女儿墙、墙顶面、上墙马道等进行了修复。

由于使用单位的随意改建，有意无意地破坏了董府原有的供排水系统，使这座古建筑的基础设施遭到了破坏，加之这些进驻单位对董府的供水、供电系统没有进行过科学的设计与规划，致使这座古建筑缺乏必要的消防、安防等保护设施。